2018年10月11日に公開されたCyberduck バージョン6.8.1で、FTPまたはSFTPを使って2個以上のファイルをアップロードするとファイルが転送されずに、エラーが大量にポップアップ表示される問題が発生していましたが、10月17日公開のバージョン6.8.2で解消されました！
6.8.2 Oct-17-2018
Bugfix Failure transferring more than one file (FTP) (#10494)https://cyberduck.io/changelog/ より引用
問題はFTPまたはSFTPを使って2個以上のファイルをアップロードした場合に、エラーが表示され、「続けるボタン」を押してもサーバー接続が停止してしまった時に発生する作業の完了の時間がタイムアウトするまで増えていく現象と、相互運用の問題のエラー（Interoperability failure 425）、接続の問題のエラー（Connection failed 425）、接続のエラー（Read timed out. The connection attempt timed out.）、8ビットバイナリーのエラー（Interoperability failure 200 TYPE is now 8-bit binary.）などが表示されていました。
ファイルを1個ずつサーバーへ転送していく場合はエラーは表示されませんでした。
バグトラッカーに報告されている人によるとサーバーの接続すらできない、という現象が発生した例もあったそうです（#10498）。
筆者の環境では、環境設定のメニューにある「ファイルの転送」を「ブラウザの接続を使用」から「Open multiple connections」に変更することで、一時的にこの問題は解決していました。
平均的に1ヶ月ぐらいで新しいバージョンが公開されるCyberduckでは異例の速さでアップデート版が公開されました。ユーザーの方がバグトラッカーに報告してから2日後には問題の対応が完了されています。